Což o to. Já používám AviDemux a MediaCoder. Oba dva budou vyžadovat "stejná" videa (rozměr obrázku, framerate..), takže by jsi videa musel předpřipravit.

Taky můžeš použít spěšl program na to určený, který udělá defakto to samý, ale automaticky. Ty bývají zhusta za prachy.

Nebo použít AviSynth i s českým manuálem. A načíst ve VirtualDubu (oba programy fungují spolu excelentně). Ač se to nezdá, tak úspora času je velká. Jednou vytvoříš skript a potom ho aplikuješ na každé videa, pojmenovaná stejně jako je ve skriptu.