Do program files se userům dává právo číst a spouštět - od toho tam ta složka je. Takže bez obav.
Pokud program vygeneruje nějaké nastavení, nebo tvá data - uloží je do tvého profilu (tam můžeš jenom ty). Čili program spustí (v program files) všichni, ale své nastavení bude mít každý svůj.

Je to trochu nepřesně řečeno, ale na pochopení stačí.