Pokud máš (fyzický) disk rozdělený na logické disky (particie), problém nebude - zálohu uložíš na jiný disk. Popřípadě můžeš použít zálohu na CD/DVD.

Právě pro možnost reinstalace ghostem/arconisem apod. je dobré/účelné mít disk rozdělený. Data/hudbu/filmy/... mít jinde než na systémovém disku.