Protože audio má špatnou snímkovou frekvenci, nebo údaj v hlavičce souboru není správný. WMP je directshow přehrávač a použije nainstalované přehrávací filtry (ty mohou být také špatně nastaveny). Jiný přehrávač na to jde patrně vlastní metodou
http://it-slovnik.cz/snimkova-frekvence/
cs.wikipedia.org
Adekvátní diskuz bych viděl tady: http://www.abclinuxu.cz/poradna/linux/show/111820; jsessionid=222srwwi4v6w