Průhledné pozadí nestačí, musíš vytvořit alfa kanál. Předpokládám, že máš vrstvu s nějakým textem nebo obrázkem, zbytek je průhledný. Ťukni pravým tlačítem na náhled vrstvy v paletě Layers a vyber volbu Select pixels. Mělo by se ti do výběru označit vše kromě průhledného pozadí. Tento výběr musíš uložit jako kanál - buď v menu Select - Save Selection nebo rychleji v paletě Channels dole tlačítkem Save selection as channel. Tím se vytvoří kanál. Tento kanál musíš označit jako viditelný - ikonka oka vedle náhledu kanálu. S takto označeným kanálem můžeš soubor uložit v libovolném TGA formátu a informaci o průhlednosti si už ponese sebou.