kromě virů/spyware může být na vině i nějaký děsně chytrý program, který si sám cosi spouští po startu - a ta blbost zamrzne, proto nedojde ke spuštění exploreru.
ve správci úloh bych se díval, který proces je spuštěný jako poslední, a rozpomněl bych se co jsem naposledy instaloval.

a ještě jedna kontrola: v registrech by měly být tyto položky:

REGEDIT4

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon]
"Shell"="Explorer.exe"
"Userinit"="C:\\WINDOWS\\system32\\userinit.exe,"