INACCESSIBLE BOOT DEVICE přece není chyba registru.

nabootuješ z cd win2000 (na jazykové verzi by nemuselo záležet, ale chce to sp3-4) a použiješ fixmbr, fixboot.
když jsi na to nahlížel linuxem - je první oddíl disku opravdu označený jako bootovací (active)? jsou na něm správné soubory (boot.ini, ntldr, ntdetect.com)?
neměnil jsi velikost disku c: ? bootovací oddíly windows měly různá omezení 4-8gb, spravovaly to servicepacky.