Ne, nebudou, správný postup:
naformátuješ disk -> tím vymažeš všechna data, nainstaluješ Windows a všechno nainstaluješ znova.
PS: Složku Windows bys v normálním režimu nesmazal, to bys musel z příkazového řádku např. z konzoly pro zotavení nebo v Linuxu.