Nerozumiem, prečo by bol v háji. Keď nemajú dáta v tabuľke nejaký prirodzený primárny kľúč (čo je skoro vždy), vytvorí sa umelý pomocou poľa typu auto_increment. Väzby medzi tabuľkami sa viažu na primárny kľúč tabuľky. Takže použitie auto_incrementu je hlavne na väzby medzi tabuľkami.

K pôvodnej otázke: Opravovať hodnoty v poli typu auto_increment je v tomto prípade zbytočné. Počet riadkov sa zisťuje pomocou select count(*) (prípadne sa uchováva taká informácia niekde inde) a nie podľa maximálnej hodnoty auto_incrementu.