Tvůj problém nesouvisí s typem tabulky souborů. FAT32 má oproti NTFS pouze některá omezení - nepodporuje soubory > 4GB, neumožňuje nastavovat práva k souborům a složkám, je náchylnější na poškození. Pro přeinstalaci to měnit nemusel.

Tvůj problém je způsoben tím, že ten "chytrý učitel informatiky" přeinstaloval tvé Win98 novějšímy (WinXP), které jsou naprosto odlišné (jiné jádr, jiné ovladače, ...)
Pokud si vzal jen tvůj disk a ne celý počítač, pak je "divný" dvojnásobně, protože v tom případě nemůže nainstalovat žádné ovladače, které potřebuje tvůj hardware, takže ti nebudou chodit ani zařízení, která používáš, což jsi zjistil.

Co se týká návratu k Win98. Pokud sis neudělal před tou přeinstalací zálohu obrazu disku, návrat možný nebude.

Teď máš pouze 2 možnosti:
1. doinstalovat ovladače a tím pádem rozchodit zařízení, která používáš
2. zazálohovat data a nainstalovat celý operační systém načisto

Hlavně to nedávej k tomu učiteli informatiky...