Působí to dost amatérsky, sorry. Není problém si nejrůznější videa
napřed zkonvertovat do výstupů se stejnými parametry videa a audia,
pak už sestříhání a spojení zvládne prakticky cokoliv.
Zkus omrknout třeba MediaCoder, je free a česky:

http://www.stahuj.centrum.cz/multimedia/prevody_fo rmatu/mediacoder/

BTW, moc mě potěšila hudba z filmu Mortal Kombat, skvělá vypalovačka.