Z čehož mi (prozatím) vyplynulo:
1) Při formátování na FAT není zřejmé, jaký OS se (pravděpodobně) bude používat a protože se disk/oddíl nepřipravil jako systémovej, neobsahuje boot sektor zavaděč. Alespoň v tomto konkrétním případě (Acronis Disk Director).
2) Při formátování na NTFS se zřejmě předpokládá, že se bude bootovat nějaká verze NT řady (2000, XP, ...) a formátovací program (v tomto případě Acronis Disk Director) automaticky nastavuje obsah sektoru jako bootovací.
Díky za tu práci a exaktní výzkum!
Pavel