ano samozrejme, zalezi to od nastroja, ktorym sa robi format, pretoze boot sektor je zavisly na type OS
ked formatujes na FAT16 pod win, tak je zapisany platny boot sektor pomocou ktoreho je mozne bootovat win, ziadny rozdiel systemovy/nesystemovy sa nerobi

to ze nastroj tretej strany nezapise na miesto spustitelneho kodu nic je uplne jasne, nemoze predsa vediet co sa ide bootovat, takze vobec nema zmysel hovorit o probleme systemovy/nesystemovy