win98 vůbec neopravuje mbr - prostě předpokládá že všechny počítače na světě (a jejich disky) používají něco jako ms-dos a bootují z prvního oddílu disku.
sys.com jen nahraje io.sys a msdos.sys do rootu disku c: - microsoft je smutně pověstný tím, že do dnešní doby neumí zacházet s disky, neošetřuje jejich "divné" stavy a neumí je opravit.

pokud si chceš hrát na velkého instalátora, pořiď si bootovací cd (nezávislé na systému), s nějakým partition managerem - a nauč se s ním zacházet. respektive dnes jsou ty sw už grafické, tam to každej musí najít.