ad 1. Odinstalace může ponechat některé "nadbytečné" soubory. Záleží také na tom, zda je upgrade prováděn jako update, upgrade (v rámci inovace) nebo kompletní od- a re-instalace. Více viz nápověda v GPO. Osobně se mi osvědčilo provést raději plnou deinstalaci (obzvláště pokud přeskakuješ několik verzí) a ideálně stvořit i novou GPO. Customization wizard se mlátit nemůže, protože to je jediný možný způsob (při zachování MSI ID a hashe balíku) jak jej upravit pro firemní potřeby.

ad 2. záplaty (změny) MSP se přidávají v GPO (na stejném místě jako transformace) - MSP je "Microsoft Installer Patch" - bohužel přidání je možné pouze při vytváření balíčku GPO (stejně jako je to u transformace). Dále: MSP je samozřejmě možné "rozbagrovat" pomocí Installshieldu/AdminStudia (nebo freeware nástrojů; já používám AS8.0, neboť jej máme zakoupený) a kouknout se, co se vlastně instaluje. Není pak problém si udělat vlastní "klasické" MSI, naprosto nezávislé. Problém bude pak jen v trochu "nahroucené" logice odinstalace/reinstalace/upgrade a samozřejmě nemusí správně fungovat verzování produktu; patchnuto však bude. Třetí problém je pak potenciální střet s aut. právem - nepovolená modifikace SW.