nejprve je třeba rozlišit TRASFORMACE (soubory MST - jedná se o "odpovědi" na instalační okna, kde můžeš nakonfigurovat, jak se má daná aplikace nainstalovat a s jakými komponentami) a PATCHE (soubory MSP - jedná se o "klasický" patch již existujícího MSI, který mění/nahrazuje/přidává soubory).

ad 1. to místo máš správně. Otázka je, zda máš správně nastavená práva na tom sharu (podle mě musí být "full" pro systém - to ale jen odhaduju). Více viz bod 3.

ad 2. Tohle se řídí na záložce "Inovace". Zde můžeš nastavit, který balíček chceš inovovat, a jakým způsobem se má naložit s tím starým (odinstalovat/přepsat). Tím to lze vyřešit jedním způsobem. Druhý způsob je jak píšeš - odebrat balíček a navolit jeho odinstalaci na stanicích a okamžitě vytvořit balík nový s novou verzí. AD GPO instalace fungují tak, že při enumeraci změn následně provedou NEJPRVE odinstalace již neplatných objektů/aplikací a teprve NÁSLEDNĚ instalaci nových objektů/aplikací. Tedy nehrozí, že bys neměl najednou nainstalován ani jeden AR a ani to, že by byly nainstalovány dva najednou.

ad 3. Právě z těchto důvodů nemám MSP moc rád. Spíše tíhnu k tomu stáhnout nový MSI balík a vytvořit si nový MST na danou verzi.