já bych to řešil patchnutím vlastního MSI:
msiexec /p C:\patch.msp /a C:\admin_package.msi tohle "vyrobí" už patchnutý MSI balík, který si přizpůsobíš pomocí (nově vytvořeného) MST přes ACW (Wizard). Podmínka je, že to MSI musí být administrativní instalační balík (tedy vyrobený přes /a přepínač msiexec)