asi žiješ v oblíbené představě, že z windows zadáš:

format c:

ne, běžící systém formátovat nelze.

pro jistotu si zazálohuj (zkopíruj) svůj profil na d:
pak z bootovacího cd s nějakým partition managerem můžeš dát formát disku c:
jednodušší je dát instalovat nový systém, a přitom zvolit že místo pro něj se má formátovat.

bacha, jestli máš náhodou datový disk fat32 - aby ti instalátor windows nenabízel jako první instalační disk právě tento.