jestli bude mít dva ventilátory nebo jeden je asi jedno, nebo je v tom rozdíl?

jeden ventilátor ochlazuje hlavně jedno místo - typicky prostředek.
záleží kde máš svoji jadernou jednotku.

můžeš zvážit nějakou pasívní podložku, a 12V 12cm větrák dodělat (a dokoupit napájecí adaptér), nějaká noctua aj. snížit hluk můžeš i snížením napájení, adaptéry jsou i s přepínačem napětí.
anebo z hotové podložky vyhodit hlučný malý ventilátor a dát si tam lepší. (+ ten adaptér)