Pokud možno vše u wmv neplatí - stím se občas natrápíš. Univerzální řešení není.
Můžeš použít jak MediaCoder, AviDemux, VirtualDub (všechny podporují AviSynth) nebo FormatFactory (který teoreticky umí všechno, ale výstup má nic moc). Taky můžeš požít placené programy s názvem milion přípon converter, ale ty tě většinou u problematického videa nechají naholičkách.
Takové programy jsem testoval na starý rmvb (realmedia variable bitrate) - tolik pádů jsem v životě neviděl pohromadě - tam pomohl AviSynth a přehrávací filtry Real Media.

U tvého videa by možná pomohl AsfTools a video opravit nebo nadrzo převést v MovieMakeru a až bude pokupě tak převést.

Pokud to video máš někde na netu, tak mi do PM hoď odkaz, zkusím zabojovat.