nemá cenu to komplikovat se starým, předpokládám že nerozděleným diskem.

na instalaci nového systému se mi v takovém případě zdá lepší sehnat disk 20-80gb od známých (čím větší tím by mohl být rychlejší), co se jim neužitečně válí - právě na něj foukneš jen systém + program files.
po instalaci ovladačů a softu má teprv cenu začít se zabývat starým diskem s daty - smazat už zbytečné adresáře \program files, \windows, vypnutí zbytečného bodu obnovení na tomto disku. pak řešit zda data nechat tak jak jsou, i zda nechat morálně dožít tento dvoudiskový pc.

když už dojde k nejhoršímu a musí se nainstalovaný systém po závažných chybách zformátovat nebo instalace skončí s mrtvým hw, v případě kdy je disk rozdělen a data jsou zásadně na d: (nikoli v C:\Documents and Settings\...) - pak nebývají žádné obavy o osud dat, jich se zformátování/nové vytvoření c: nedotkne.

samozřejmě to neřeší poruchu disku, ale mnohem častější příčinou zkázy systému bývá domácí samoadmin, a občas nekvalitní hardware (paměť, zdroj, deska).
ostatně rozdělení na dva logické či fyzické disky má výhodu, že se dá za pár minut vytvořit záloha nainstalovaného a nastaveného systému do image souboru, a ta třeba ještě vypálit na dvd jako záloha pro obnovení.

odložení všech dat na jiný disk, jak píšeš, je taky možné. ale potřebuješ někdy dost půjčeného místa, pak kvůli instalaci zrušíš celý původní disk (pokud nebyl rozdělen), a po instalaci začneš zjišťovat cos zapomněl zálohovat z plochy, z outlooku a jiných podadresářů.