Nečetl jsem reakce výše, možná se opakuju.

V podstatě ano, pokud formátuješ zavirovaný disk, tak jej formátuj přes bootovací CD operačního systému. Pokud máš disk rozdělený např. na C: a D:, zformátováním prvního oddílu může zůstat ve druhém, odkud se zase může dostat zpět. Po zformátování obou oddílů by MĚL být problém vyřešen (pokud vir není v Master Boot Record - oblast disku) - tohle dříve řešil starý známý fdisk (zadáním příkazu fdisk/mbr). Jak je to dnes, to nevím, dlouho jsem tyhle problémy neřešil - tuším, že to jde nějak přes DISKPART (obsažen v instalačním CD WinXP).
Stejný pozor dej, pokud máš v počítači připojeno více fyzických pevných disků. Naformátováním jednoho jsi nesmazal vir z druhého (pokud tam byl).

Co se týká bezpečnosti na netu, tady na poradně byly luxusní články, jak používat PC: http://pc.poradna.net/a/view/308473-bezpecnost-na- internetu-pracujeme-s-neprivilegovanym-uctem-i