máš teď zatím po startu nabídku ze dvou systémů?
podívej se na všechny soubory \boot.ini jednotlivých systémů, ideální by bylo kdyby byly na všech discích stejné (jako záloha), a obsahovaly záznamy o obou systémech.

to by ovšem řešilo jen stav, že oba disky nebyly při instalaci svých windows v pc samy, a tím se tvářily jako c:

je tu totiž problém - bootloader pro windows nedovede skrývat disky. při dvou systémech může zobrazovat předchozí viditelný disk, kterému obvykle rezervuje písmeno c:, druhému instalovanému disku pak dá nějaké další písmeno. čili vůbec není jedno, jestli se další systém na druhý disk instaluje s/nebo bez připojeného disku předchozích windows.
jednoduše: důležité je s jakým písmenem disku se zobrazuje jaký běžící systém.
k tomu patří jaké jsou jejich záznamy v boot.ini
pokud to dodatečně změníš (přidáním nebo vynecháním disku), druhý systém už nemusíš nastartovat.