soubor boot.ini dává smysl, nechal bych ho tak.

píšeš 2 disky, ale jde jen o dva oddíly, a tím pádem při instalaci xp tam byly w2000 už přítomné. pro xp by jejich přeinstalace neměla znamenat žádnou změnu, s výjimkou bootovacích souborů. instalace xp je přepsala na verzi xp, obnovení w2000 zase vrátilo verzi na w2000.
možná že v tom bude malý problém - podle kolegy níže bych použil z konzoly zotavení cd xp příkaz fixboot c:.

kdyby to nepomohlo, ještě příkaz bootcfg, ať si to oscanuje podle svého.

pro zajímavost: naběhlé win xp se tvářily že mají jaké písmeno svého systémového disku? (ony nemusí dodržovat pořadí písmen tak, jak je měly w2000).