Na hloubce nezáleží. Ale Windows má problém s celkovou délkou větší než 1024 znaků (dálka cesty programu + délka cesty souboru). V DOS to bylo tuším 255 znaků.

Portable aplikace se ti tam neobjeví, musíš je dohledat pomocí cesty. Seznam se objevuje na základě seznamu v registrech, který vytváří instalátor. portable aplikace neinstaluješ.