disk, ze kterého chceš za všech okolností bootovat, si zapíchni jako master do primárního řadiče. u sata řadičů kontroluj ve výpisu biosu při startu, kde se ti ukáže.
taky v biosu zkontroluj při připojeném externím disku, že není předvoleno jen bootování z hddd, ale další možná položka "priority" že odkazuje na tvůj typ hdd - toto mohlo za boot z jiného disku.

dále jak píše kolega - ověř libovolným partition managerem, že máš nastaven active partition na tvoje c:, případně že jsou tvoje aktuální windows nainstalovány v primary partition - jedno z toho způsobilo po vyjmutí externího disku nefunkčnost bootování, a pokud jsi to něčím opravoval, tak i přesun zaváděcích souborů včetně boot.ini na druhý oddíl.
ty soubory jdou normálně zkopírovat zpět kam patří, a partition managerem opravit bootovací "active" flag.