partition(1) je nejspíš ten správný - nastav ho jako výchozí, když tak ověř po restartu.
windows z druhého oddílu pak půjdou normálně smazat.
opačně by to tak jednoduše nešlo, pokud by správný měl být až ten druhý oddíl.

boot.ini je skrytý, možná i read only - je vidět v normálním správci souborů. ne, průzkumník za něj nejde považovat ani náhodou.
nadbytečný řádek s volbou pro nežádoucí windows jde smazat buď přes msconfig.exe, nebo právě v nějakém správci souborů.