Nejsem si úplně jistý že si dovedu představit tu síť, ale myslím že to tady ani nehraje roli. Moc ani nechápu, co za počítač je tím klientem, co se nedovede do domény přihlásit? To je nějaký VPN klient s Windows?

Ale jak říkám, je to jedno. Chyba je určitě to, že všude používáš DNS názvy. Samba 3 neumí Windows 2000 DNS resolution, jediné co umí je NetBIOS. Musíš všude použít NetBIOSové jména, v jakékoliv referenci. Například pokud někam, kamkoliv zadáš jméno doménového řadiče, tak to musí být NetBIOS jméno. Ty si sice pingneš na DNS jméno, ale to ti je k ničemu, protože Windows klient v NT 4 doméně řadič podle DNS jména hledat nebude.