Tak jak navrhuješ by to šlo.

Před While si dáš SELECT MAX(timestamp) FROM syndicate a přiřadíš jej do nějaké proměnné (třeba $max_timestamp).
A u INSERTu přidáš podmínku ...WHERE timestamp>=$max_timestamp

Každopádně bys měl mít ošetřený nějaký unikátní klíč (to ID), aby nemohly být v tabulce dva stejné záznamy...