V tom článku opisuje predposledný odstavec presne tvoj prípad - stránka vo Windows-1250 a databáza v UTF-8. Vyriešené to tam je normálne (SET NAMES 'cp1250').

To nastavenie character_set_connection na utf8 ti môže fungovať, ak robíš súčasne navyše tú konverziu pomocou iconv. Keby si ale použila hneď na začiatku SET NAMES 'cp1250', tak by si nepotrebovala zbytočne používať iconv. Ale načo robiť veci jednoducho...