do program files je běžným userům zápis zakázán, má to význam pro ochranu aplikací před smazáním.
jenže autoři programů žijí ještě stále ve světě jednouživatelských win98, případně předpokládají admošká práva všem a všude. tak místo nastavení aplikací do větve registrů uživatele nebo aspoň do jeho profilu, ho občas bez možnosti výběru nacpou do společného adresáře aplikace.

protože sem nevede path pro automatické spouštění, celkem nic nehrozí když jen na C:\Program Files\PopTray\ (nebo rovnou celý C:\Program Files\) povolíš zápis pro skupinu "users".