Nesvěřil ses, co všechno máš nainstalované za programy. Zkus pomocí msconfig v záložce služby povypínat postupně všechny služby kromě služeb Microsoft a zkoušej. Efekt nastane samozřejmě až po restartu, takže to udělej v nouzovém režimu. Další tipy zde:
http://windows7forums.com/windows-7-support/16701- windows-7-shutdown-problem.html