Vyhovovalo by PHP? Céčko moc neumím. Jestli jo, tak nějak takhle (je to i inspirace pro někoho jiného, kdo umí v céčku...jsou tam jisté možná nesmyslné kroky, ale neznám jinou funkci, která dokáže bez problému převést všechny zakončení řádků než nl2br):

<?php
error_reporting(0); 

$vyslednysoubor = '';

//tady by se naincludovaly oba soubory $file,$file2
$file = explode('<br />', nl2br($file));
$count = ($file>=$file2) ? $file : $file2;
for($i = 0; $i<$count;$i++)
{
$vyslednysoubor .= $file[$i].'<br />'.$file2[$i];
}

$vyslednysoubor = br2nl($vyslednysoubor);

// zapiseme vysledek do souboru
?>