V podmienke cyklu while kontroluješ, či je ďalší token číslo. Ak nie je, tak cyklus skončí a teda nasledujúce riadky sa už nespracúvajú, takže tam zostanú nuly.

Opraviť to môžeš tak, že v podmienke cyklu budeš kontrolovať iba to, či je k dispozícii ďalší token a až vnútri cyklu sa na základe toho, či je to číslo alebo nie, rozhodneš, čo spravíš - ak je to číslo, tak ho zapíšeš do poľa, inak sa posunieš na ďalší token. Mohlo by to vyzerať nejako takto (netestované):

while (sc.hasNext())
  if (sc.hasNextInt())
    poleCisel[i++] = sc.nextInt();
  else
    sc.next();