Ne. Defragmentace (sys nástrojem) spočívá v detekování fragmentů- zkopírování na nové místo (v alokační tabulce jsou napsány obě umístění) a ve smazání v tabulce původní místo. Ani v jednom případě nejsou data ohrožena, NTFS s tím počítá (o FAT se nezmiňuji).