Ne to neumí. Pokud potřebuješ slepit tři fotky vedle sebe (bez prolínání mezi sebou - ostrý ořez), nepotřebuješ vrstvy. A na retuš klonovacím razítkem je také nepotřebuješ. A na desítky dalších věcí je rovněž nepotřebuješ.
Nicméně v paint.net jde udělat pěkné prolínání fotek z jedné do druhé a dobře takové ty ptákoviny jako hroch ve Vltavě atd.