V 99% případů platí, že je-li program Free Software, tak je i Open Source a obráceně. Praktické důsledky jsou tedy stejné. Rozdíl je ale v motivaci.
Pro zastánce Free Software a GNU je primárním cílem svoboda. Uživatelé programů podle nich musí mít 4 základní svobody. Viz http://www.gnu.org/philosophy/free-sw.html . Dostupnost zdrojových kódů z nich nutně vyplývá. Nesvobodný, proprietární software považují za nemorální.
Oproti tomu zastánci Open Source vůbec filozofické úvahy o svobodě neřeší. Neomezenou výměnu zdrojových kódů považují za samozřejmost prostě proto, že podle nich vede k technicky dokonalejšímu vývojovému modelu software. Definice pojmu Open Source je zde: http://www.opensource.org/docs/definition_plain.php