Pokud je nutno provádět nějaké zásahy do systému, snažím se používat

1/utitlity Windows
2/utility Sysinternals
3/utility NirSoft

protože tady lze u jejich autorů předpokládat dostatečně hluboku znalost systému.

Co se týká "čistění" registrů, naprosto souhlasím s předřečníkem, s jedinou výjimkou, a to jsou utility na vyhledání a smazání Registry keys with embedded Nulls. Což umí "regdelnull" od Marka Russinoviče (Sysinternals)