Externí disky jsou obvykle dodávány naformátované na FAT32. To je systém již poněkud vyšlý z módy s různými nectnostmi ale s jednou výhodou - přečte ho naprostá většina počítačů s různými operačními systémy. Od Windows 2000 výše lze použít (a vřele se doporučuje použít) modernější, mnohem robustnější souborový systém NTFS. Disk se převede z příkazového řádku příkazem convert. Syntaxe je

CONVERT svazek /FS:NTFS [/V]

svazek Udává písmeno jednotky (následované dvojtečkou),
/FS:NTFS Udává, že svazek má být převeden na NTFS.
/V Udává, že příkaz Convert má být spuštěn v režimu s podrobným
výstupem.

Takže pokud chcete převést třeba disk E, bude to vypadat takto

Start -> spustit ->cmd, do okna napsat convert E: /FS:NTFS