Myslím, že by to šlo pomocou Avisynth.

Postavil by som si na statív kameru.
Najprv by som natočil 1. video, potom 2.video. Vznikli by 2 samostatné videá.

Potom by som orezal pravú polovicu 1.videa a ľavú polovicu 2.videa.
AviSource("C:\Path\to\640x480clip1.avi")
Crop(320,0,320,480)
AviSource("C:\Path\to\640x480clip2.avi")
Crop(0,0,320,480)

Nakoniec by som použil asi tento script pre Avisynth:
clip1=AVISource("c:\1.avi")
clip2=AVISource("c:\2.avi")
StackHorizontal(clip1,clip2)

Výsledok by bolo jedno video....