Protoze nejakym zpusobem se mi prenastavila bootovaci priorita v biosu, a misto aby system bootoval ze spravneho disku,tak bootoval z nejakeho kde byla stara poskozena instalace windowsu

nevím co máš k dispozici - já bych vzal nějaký partition manager co už umí sata disky, nabootoval s ním, nastavil active oddíl ten správný co jsou na něm jakože funkční windows.
hal.dll může mít různé verze podle hardware, ta z cd není myslím vždycky správná. to už lepší bylo ho zkopírovat z druhých mrtvých windows - třeba v konzole zotavení (příkazový řádek na instalačním cd win), nebo vložit tvůj disk do jiného pc a kopírovat to tam.

jestli jsi nechal mrtvý systém na prvním oddílu viditelný, funkční windows jsi pak dal na oddíl za ním takže vidí ten první a proto svůj systém označil jiným písmenem než c:, už jsi pravděpodobně v pr...
jakmile smažeš/skryješ první "vadný" oddíl, zhavarují ti i druhá windows - a pokud se pokusí přepísmenkovat systém, v registrech vznikne chaos různých cest na starý a nový disk, a můžeš to jedině zformátovat.

čili záleží co kde je a jak se to chová, ať tu nevymýšlíme zbytečnosti.