1 část bude pro systémové soubory a druhá pro moje osobní potřeby, tak zformátuji jen ten první a na druhém disku zůstanou data nedotčena i když přeinstaluju windows?

tak je to.
současný systém budiž považován na zničený, pokud jsi nezkusil znovu ten sp2, asi nestojí za záchranu.
údajně už zmenšení oddílu umí ve správě disků už vista/w7, na volném místě pak vytvořit nový oddíl, zformátovat, a v novém systému na něj přesměrovat odkaz "moje dokumenty".
jinak použít nějaký bootovací partition manager, který už umí sata disky. používám placený acronis disk director, ale fungovat by mělo i něco z free utilit: Partition Resizer.

Protože mi to TADY poradili.

toto není argument. nepíšeš v jaké souvislosti jsi údajně takovou radu dostal, cos přitom prozradil že máš mezitím nainstalováno. na neúplné a zcestné informace dostaneš zcestnou odpověď - jakou taky jinou.
audax ti to teď napsal myslím dost jasně, víckrát se o to nepokoušej.