How does Wubi work?
Wubi adds an entry to the Windows boot menu which allows you to run Linux. Ubuntu is installed within a file in the Windows file system (c:\ubuntu\disks\root.disk), this file is seen by Linux as a real hard disk.
Stačí tedy zkopírovat do zálohy daný soubor s virtuálním diskem.
Následně by mělo stačit udělat fsck všech oddílů virtuálního disku.