v případě že jsi nastartovat windows z prvního disku, se ti označily jednotlivé oddíly c:, d:, e: (ten s druhými xp).
když zvolíš windows z druhého disku, to si označuje disky možná nějak po svojem. ale průser je v tom, že svůj systémový disk neoznačí jako c:, ale zase jako e: nebo bůh ví co, záleží i na typu datového logického disku z 1.hdd, zda byl primary nebo extended.

soubory boot.ini, ntldr, ntdetect.com jdou překopírovat na druhý disk (možná už tam jsou). po nastavení bootovacího active příznaku druhému disku + po editaci boot.ini by se povedlo druhý systém spustit:

[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Win XP na 1. disku v poradi" /noexecute=optin /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)\WINDOWS="Win XP na 2. disku" /noexecute=optin /fastdetect

jenže v té chvíli instalace xp zjistí že bývalý druhý hdd je teď první disk, písmeno systému e: má "neoprávněně" a změní během startu v registrech systémové proměnné (%windir%, %systemroot) na c:...
tím se tato druhá instalace sama zničí, protože nedokáže opravit jiné cesty (nainstalované s písmenem e:\...) na c: - a vznikne prakticky nefunkční, řádně nenastartovaná nefunkční hybrida s miliónem chyb.

údajně existují i programy pro přepsání písmene systémového disku v registrech, tím by šly záznamy druhého disku opravit na c:, a po restartu samostatný druhý disk s windows už naběhne.

jiným postupem může být předhození náhradního prvního disku. měl by mít stejný počet primárních oddílů jako současný nefunkční disk, bootování musí být opět přesměrováno na druhý disk - označit active nějakým bootovacím partition managerem/fdiskem.

pozn.: toto idiotské samoničící chování systému při více discích ms opravil až u visty, kde už se systém vždy označí jako c:, ať je na jakémkoli disku v pořadí.