Neviem, či som Ti dobre rozumel (ak Ti nerozumel ani Mr.Brtník),
ale, v takomto prípade zvyknem:
1. externe riešenie - boot CD Partition Wizard, a tam nastavím partíciu Systému na 2.HDD ako aktívnu.
(Automaticky sa stane systémová partícia na 1.HDD neaktívna.)
2. a bootuje to druhý systém

Spôsobov je viac.
Otázka je, či si už čosi v tých systémoch nenarušil...