Obávam sa, že si celkom dobre nepochopil podstatu.

Systém sa inštaluje na prvú partíciu preto... a je oveľa rozumnejšie, ak sa inštaluje Systém+Programy,
že:
1. Ako už spomínajú, vírusy sú orientované na systém (teda Dáta - na inej partícii, majú nádej na prežitie)
2. Systém permanentne pracuje, potrebuje vymedzený priestor, a nemôže byť vystavený riziku, že pribúdajúcimi dátami bude vytesnený vo svojej primárnej partícii
3. V prípade poškodeného systému,
je rozumnejšie a rýchlejšie partíciu zmazať, a IMAGE systému tam späť nakopírovať (Systém+nakonfigurované Programy), ako celé dni vyhľadávať príčinu a miesto poruchy.
(Ľudia, čo aj Programy inštalujú na druhú partíciu - mimo systém, aj takí sú - musia pracne po prekopírovaní IMAGE - znovu všetky programy inštalovať, ale hlavne konfigurovať. Preto to ja tak nerobím.)
4. Ak robíš akýkoľvek pravidelný test - či na vírusy, na čistenie registrov, a iných "sajrajtov",
väčšinou ho robíš iba na systéme.
A je obrovský časový rozdiel spustiť aplikácie na povedzme 30 - 50 - 70 GB partíciu (podľa druhu systému),
ako na 1 TB HDD.

.

A pokiaľ spomínaš windows.old, tak to je iná otázka.
Tam si uloží (ako zálohu) nastavenia pôvodného systému, t.j. adresáre, súbory a drivery,
ak robíš buď upgrade z Visty na W7, alebo ak robíš úplne novú inštaláciu samotného systému.
Ak už ste rozhodnutý pre novú inštaláciu, a zo starej nič nepotrebujete,
najkorektnejšie sa jej zbavíte cez interný Disk CleanUp.