Aha, kterej vůl ti to zapojoval?

IDE Channel 0 Master - CD-ROM
IDE Channel 0 Slave - HDD

To zrovna není ideální kombinace
šlo by to spíš na jedný kšandě jako:
hdd master
cd slave

Popřípadě dát na každou IDE jedno zařízení
hdd master
cd master
a koupit dvě kšandy za pade obě.
Zařízení se musí zezadu přejumperovat.
---
pořadí bootovaní je v pořádku. Problém bych viděl v tom atypu, ale na posouzení si spíš počkej na někoho od železa