tady je to pekne popsano: http://www.diit.cz/article/print/28484?urltitle=ad vanced-format-prichazeji-pevne-disky-se-4k-sektory

A i když mohou souborové systémy používat velikost jednoho „clusteru“ („logický nejmenší sektor“ pro daný souborový formát) třeba i 4 096 bajtů a více, je tu jeden neduh, který je krásně vidět právě třeba na Windows XP. Tento operační systém má totiž pro 4kB sektory jeden neduh: při čisté instalaci na prázdný disk začíná první diskový oddíl na logickém sektoru (LBA) 63, tedy ve skutečnosti v 7/8 osmého fyzického sektoru na pevném disku. Ve výsledku pak žádná alokační jednotka souborového systému se 4kB clustery „nepasuje“ na 4kB sektory pevného disku, což ze při práci s „náhodnými“ bloky dat hlavně při zápisu projeví výrazným zpomalením (při čtení už tolik ne, jen se musí pro každou 4kB alokační jednotku přečíst dva fyzické 4kB sektory a vybrat z nich ty 4 kB, které patří oné 4kB alokační jednotce, tedy „clusteru“).

...

Spojení pinů 7 a 8 opravdu dělá to, co vás asi už napadlo: posunuje vnitřně adresování tak, aby první diskový oddíl začínal přesně na začátku 4kB sektoru a ne uvnitř jiného. Pokud po instalaci jumper odstraníte, „krapítko“ si rozhodíte data, protože všechny sektory budou přečíslovány do původního stavu. Je to skutečně brutální, ale pokud to tak necháte, je to účinné a velmi jednoduché. Pak ale rozhodně nepouštějte utilitu WD Align, jinak tato diskový oddíl „rozrovná“ a vše bude zase posunuto tak, jak to být nemá, čehož důsledkem bude snížení výkonu disku.