Hlavny rozdil je v tom, ze kam vsade to chces strkat. Ak to chces strkat niekam do nejakej TV ktora vie len FAT32 tak musis pouzit FAT32 aspon na jednom oodieli (mozes si na disku vytvorit oddielov viac a jeden moze byt vv NTFS a druhy kludne vo FAT32 - pre taketo zariadenia).
Ak to chces strkat len do PC tak potom je omnoho lepsie pouzit NTFS.

Dalsi rozdiel je to ze NTFS ma aj pristupove prava (ktore su ale k hovnu ptz existuju OS ktore ich ignoruju :), dalsi mierny rozdiel moze byt vykon (FAT32 by bola na takom disku dost velka a zbytocne by to muselo byt furt v RAM), a dalsi rozdiel je v tom ze u FAT32 ked sa posahaju FAT (obe kopie = pravdepodobnost velmi mala) tak uz tie data neda dokopy nikto, u NTFS je vacsia sanca ze pri poskodeni suboroveho systemu sa daju data z toho este "vytahat".