Možná by to šlo udělat pomocí vícerozměrných polí:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/2yd9wwz4(V S.71).aspx

V praxi asi takto (je to takovej divnej zápis ):

pole = array { //hlavní pole, ve kterém budou matice

  [0] =>
  array { //začátek prvního dvojrozměrného pole = matice
    [0] =>array { //první řádek matice pole[0]
          3,2,1
          }
    [1] =>array { //druhý řádek matice pole[0]
          5,8,2
          }
    [2] =>array {
          3,1,4
          }
    [3] =>array {
          9,9,8
          }
  
  } // konec prvního dvojrozměrného pole

  ....... //tady budou další

} // konec hlavního pole

Potom bude mít každá matice jasný identifikátor pole[x], jednotlivé řádky matice pole[x][y] a buňky pole[x][y][z]. Je to defakto trojrozměrné pole, můžeš si to představit třeba jako rubikovu kostku.